La perspectiva ascendente de toda la arquitectura de la capilla mayor está coronada por una espléndida cúpula semiesférica armada con piedra y vidrio. La diseñó Siloe apoyada sobre una base circular; encima de ella diez ventanas con arco de medio punto abiertas desde el borde inferior de la cúpula. A principios del siglo XVII, la cúpula estaba «poblada de estrellas de oro en campo azul». Hoy, tras reciente restauración, vuelve a estarlo. El óculo central de esta bóveda está rodeado por formas de pétalos.
Ocupando los amplios ventanales de la cúpula una nueva serie de diez vidrieras con evidente finalidad y sentido catequéticos para la narración de la historia de la salvación.
Vida de Juan, el Bautista
En el pozo de Jacob Detalle Aparición del Señor a María Magdalena. Comienza esta serie con dos vidrieras cuyo tema se centra en dos momentos de la vida del Precursor: Predicación de san Juan Bautista (Mt 3,1-12; Mc 1,2-8; Lc 3,3-18) y Decapitación de san Juan Bautista (Mt 14,1-12; Mc 6,14-29; Lc 9,7-9).
Vida de Jesús
La vida pública del Redentor comienza con este hecho: Jesús con la samaritana en el pozo de Jacob (Jn 4,4-42): Quien beba del agua que yo le diere jamás tendrá sed, pues mi agua será en quien la beba fuente que alcance hasta la vida eterna. En estas tres vidrieras subyace un breve ciclo temático: el agua como trasfondo de encuentros (Jesús con el Bautista, Jesús con la samaritana). Junto al clave y determinante sentido eucarístico de la capilla mayor, el sacramento del agua; el mensaje iconográfico queda completado con el signo de juicio y de gracia, de muerte y de vida: el bautismo.
Con las siguientes tres vidrieras se entra en el ciclo pascual; tres momentos de la pasión, en primer lugar: Jesús con la cruz a cuestas camino del Calvario (Mt 27,31-32; Mc 15,20-21; Lc 23,26; Jn 19,16-17), Crucifixión de Jesús (Mt 27,33-44; Mc 15,21-32; Lc 23, 33-38; Jn 19,23), Descendimiento de la cruz (Mt 27,57-61; Mc 15,42.47; Lc 23,50-56; Jn 19,38-42).Y tras la pasión de Jesús, dos vidrieras narran el gran hecho de la resurrección: Resurrección del Señor (Mt 28,1-10; Mc 16,1-8; Lc 24,1-11; Jn 20,1-10) y Aparición a María Magdalena (Mc 16,9-11; Jn 20,11-18).
Tiempo del Espíritu
Con la última vidriera de esta serie de diez se inicia el tiempo del Espíritu: Pentecostés o La venida del Espíritu santo (Hech 2) y se cierra así el magnífico programa iconográfico de las vidrieras, catequesis artística de la historia de la salavación.