En estos seis últimos años de la construcción del templo catedralicio —finales del XVII y principios del XVIII— se suceden como maestros mayores Francisco del Castillo (1698-1702) y en 1704 Francisco Rodríguez Navajas y Francisco de Otero.
MAESTRÍA DE FRANCISCO DEL CASTILLO: 1698-1702
El 24 de octubre de 1697 el cabildo otorga la maestría mayor a Francisco del Castillo. Realiza este maestro mayor las nueve bóvedas pequeñas restantes y la media naranja del segundo crucero cometiendo errores en su ejecución que le llevan a la cárcel junto con su maestro de carpintería, Francisco Gutiérrez; la magnanimidad del arzobispo Ascargorta (1693-1719) les libera de la misma. También hace la bóveda del primer tramo de los pies de la nave lateral derecha (la que cae junto a la contaduría).
En 1702 Francisco del Castillo inicia una nueva vida en Ronda, siempre acompañado por Francisco Gutiérrez; ambos volvieron a terminar presos por incumplimiento de contrato.
1704: RODRÍGUEZ NAVAJAS Y DE OTERO, MAESTROS MAYORES
La actual bóveda elipsoidal del segundo crucero o del trascoro la hacen Francisco Rodríguez Navajas y Francisco de Otero, maestros mayores desde enero de 1704. Con esta bóveda, tras derribar la realizada para este lugar por del Castillo, se termina y se soluciona definitivamente el embovedado del crucero secundario, que une la puerta de san Jerónimo con la puerta de acceso al templo parroquial del Sagrario.
Los dos últimos maestros mayores de la fábrica catedralicia —Francisco Rodríguez Navajas y Francisco de Otero— siguen un modelo celosamente conservado por el cabildo proporcionado el 14 de julio de 1702, con motivo de una inspección de las obras por dos legos alcantarinos vecinos de Granada —fray Dionisio Pérez y fray Juan Cabo— y Felipe de Unzurrunzaga, vecino de Málaga. Con este modelo único de bóveda —único como el de la central del primer crucero— se evoca la cúpula-linterna desmontada; además, aunque de forma menos expresiva y más modesta, se mantiene el propósito siloesco de subrayar el centro del crucero secundario.
TERMINACIÓN DE LA CATEDRAL: 1704
El 24 de diciembre de 1704 el canónigo obrero, Sr. Bellido, anuncia al cabildo que la bóveda central del segundo crucero se había terminado y que estaba muy bien ejecutada. Quedaba así cerrado el proceso constructivo iniciado hacía 181 años; culminaba esta empresa secular siendo arzobispo de la diócesis granadina Martín de Azcargorta (1698-1719), gran mecenas del templo catedralicio cuyos restos reposan en «vna Sepultura, terriza, y llana, à los pies de la Imagen del Señor Santiago (Patron vnico de España» identificada con una sencilla losa con la cruz episcopal.
ALGUNAS MODIFICACIONES POSTERIORES: 1926, 1990-1992
Sin embargo, al terminarse la Catedral, no quedó organizado de manera definitiva su espacio interior. Aparte de su progresivo y enriquecedor alhajamiento, desde principios del XVIII hasta nuestros días se han realizado diversas intervenciones con repercusiones arquitectónicas. En 1620 se había terminado el coro colocándolo en la posición habitual de la tradición hispánica: en medio de la nave central, entre los dos órganos, frente al arco triunfal de la Capilla Mayor. En el siglo XX tendrán lugar diversas modificaciones.
1926: Traslado del coro a la capilla mayor
En 1926 el coro fue trasladado y resituado cerrando los siete pasadizos abovedados de comunicación entre girola y rotonda. Con ello la nave central quedaba totalmente exenta y el retablo del trascoro de mármoles —dedicado a Nuestra Señora de las Angustias— pasaba a ocupar la tercera capilla perimetral del lado sur, donde actualmente se encuentra.
1990-1992: Recuperación del proyecto siloesco
Entre los años 1990 y 1992 —rigiendo la archidiócesis Fernando Sebastián Aguilar (1988-1992)— tienen lugar obras de mayor incidencia arquitectónica con gran repercusión en lo funcional. Su importancia reside en la recuperación de la idea clave siloesca de la comunicabilidad —física y visual— con el altar mayor con su tabernáculo eucarístico, entre la celebración y la comunidad.
En efecto, el desmontaje de los estalos corales desplazándolos a los laterales, y la apertura de los pasos abovedados de la capilla mayor hacia el deambulatorio, recupera uno de los elementos señeros del Renacimiento. El diseño de Siloe para la cabecera de la Catedral granadina sólo puede apreciarse en clave arquitectónica desde la centralidad eucarística expandiéndose radialmente hasta el infinito.
