En el templo catedralicio hay diversos tipos de bóvedas. Ante todo, la gran bóveda de la cúpula central cubriendo la capilla mayor. Además, las bóvedas (32) que cubren los tramos determinados por los pilares corintios —las cinco naves basilicales— y las bóvedas, a excepción de las dos primeras tramos más próximas a las naves externas, que coronan los espacios del deambulatorio, girola o nave absidal (cinco cuadradas más grandes más cuatro boveditas triangulares de enlace entre las anteriores). A más de ellas, están las bóvedas de las capillas periféricas, del museo, de la sacristía y antesacristía…
LA CÚPULA CENTRAL
La rotonda cupulada con el altar central eucarístico responde, por una parte, a las reformas apostólicas pretendidas por el primer arzobispo de Granada, fray Hernando de Talavera (1493-1507) y por su sucesor y protegido, el arzobispo Alba (1526-1528); por otra, al destino primero del templo como panteón imperial por voluntad de Carlos I.
Una gran cúpula semiesférica cubre la capilla mayor alzándose sobre la base circular y sobre las ventanas de medio punto abiertas sobre el borde inferior de la cúpula; en ellas se narran hechos de la vida del Juan el Bautista, el precursor y de Jesucristo, hijo de Abrahán, hijo de David (Mt 1,1). Este tipo de cúpula semiesférica sobre base cilíndrica carecía de precedentes en España y es una más de las creaciones de Siloe que alcanza en este recinto sagrado la majestuosidad y la grandeza «romanas».
La media naranja de esta cúpula baída está armada con diez poderosas nervaturas conformando diez paneles sobre una superficie lisa; en los diez paneles otras tantas nervaturas más delgadas que terminan apoyadas en grandas pétalos centrales que rodeando al óculo central. En el conjunto de la cúpula hay una repetición temática de la curva —ventanas con arcos de medio punto, nervaturas arqueadas mayores y menores, pétalos, óculo central— en cohesión con su base cilíndrica pareciendo formar una sola y continua superficie escultural.
Bermúdez de Pedraza (1585-1655) describe, en 1638, la cúpula como «poblada de estrellas», decoración felizmente recuperada en una reciente restauración. El fondo azul y las estrellas doradas clarifican la forma arquitectónica de la de la bóveda y, además, evidencian la relación estructural entre las nervaduras mayores de la cúpula y las columnas adosadas del segundo cuerpo sobre las que se apoyan.
BÓVEDAS SILOESCAS DE LA GIROLA
La nave absidal está cubierta con siete bóvedas; cinco de ellas —las más interiores— las trazó Siloe; las dos restantes, iniciales del deambulatorio, son más cercanas a las bóvedas góticas del cuerpo basilical. El propio Siloe describe así sus bóvedas: «nervios al estilo romano, bien proporcionados y armoniosos»; piensa el maestro burgalés como sus contemporáneos, que las formas geométricas de los intersticios entre las nervaduras daban a sus bóvedas la proporción y claridad propias del estilo romano. Esta bóveda siloesca es diferente de los modelos conocidos precedentes. Estamos ante una síntesis arquitectónica cuyas nervaduras paralelas recuerdan construcciones musulmanas; su superficie cupulada recuerda el ideal romano y la disposición de las molduras decorativas recuerda las lacerías ornamentales conectando los nervios de las bóvedas del gótico tardío. Una bella y original concordancia estética.
BÓVEDAS DEL CUERPO BASILICAL
Las bóvedas de estilo gótico cubren el cuerpo basilical y los dos primeros tramos de entrada en la girola desde las naves más próximas a los muros; laterales; en total son 32 trazadas de acuerdo a ocho modelos distintos. En razón de su forma geométrica hay dos tipos de bóvedas: rectangulares y cuadradas. Las primeras —diez— cubren la nave central y el crucero principal; sus dimensiones varían; todas —a excepción de la central del crucero principal que mide 14×12,25 m (171,15 m2)— son de 12,15×10,15 m; su superficie, por tanto, es de 124,34 m2. Las bóvedas cuadradas tienen de lado 9,8 m (96,04 m2). Las bóvedas del cuerpo basilical comienzan a construirse a principios del siglo XVII. En 1614 el cabildo encarga a Ambrosio de Vico (maestro mayor titular desde 1588 hasta 1623) continuar el crucero principal y hacer la primera bóveda de piedra del cuerpo basilical; como testimonio queda una cartela en la parte superior del muro donde está la portada de la Capilla real. En las construcciones de las bóvedas restantes intervendrán, entre otros, Miguel Guerrero (1636-1649), Teodoro Árdemans (1688-1690) Melchor de Aguirre (1688-1697), Francisco del Castillo (1698-1702) todos ellos maestros mnayores en las fechas que se indican.