En el comienzo de este siglo finaliza su reinado Carlos IV (1788-1808). Napoleón entrega la corona española a su hermano José (1808-1813). Tras las Cortes de Cádiz (1812) ocupa el trono el tercer hijo de Carlos IV, Fernando VII (1813-1833), sucedido, a su vez, por su hija Isabel II (1833-1868). Tras ella, el gobierno provisional del general Serrano (1868-1870) y un nuevo monarca, Amadeo I (Amadeo de Saboya, 1870-1873) que dimitió de forma irrevocable.
Tras la dimisión del monarca sigue la primera República (11.febrero.1873 a 3.enero.1874) con cuatro presidentes. [Estanislado Figueras y Moragas (febrero-junio 1873), Francisco Pi y Margall (junio-julio 1873), Nicolás Salmerón Alonso (julio-septiembre 1873) y Emilio Castelar y Ripoll (septiembre 1873-enero 1874) en algo más de trescientos días. En 1874 se produce la restauración monárquica con Alfonso XII que reina hasta 1885, sucediéndole su hijo póstumo Alfonso XIII, rey hasta 1931.
Hechos significativos ocurridos a lo largo de este siglo la guerra de la Independencia; las mencionadas Cortes de Cádiz que, en lo político, proclamaron el principio de la soberanía nacional y, en lo económico, pusieron fin al régimen de privilegios señoriales; la gran etapa desamortizadora de los bienes eclesiásticos (1835-1837) de Juan Álvarez y Méndez, llamado Mendizábal.
Durante este siglo —en gran medida prolongación del anterior en relación con la atención y mantenimiento del archivo— se produce un hecho de gran alcance para la política archivística eclesiástica: La apertura a los investigadores de los archivos secretos del Vaticano; ocurrió en 1880 por disposición de León XIII (1878-1903).
Nueva catalogación
Hasta entrado el primer tercio del siglo no tenemos noticias acerca de la situación del archivo; es presumible, por ello, que su organización continuó con lo establecido en 1787 y el inventario de 1790. En 1835, el secretario —Juan Manuel Mateos Palomo— eleva un informe al cabildo dando cuenta de la situación del archivo: documentación revuelta y sin ordenar, documentos trasladados sin anotación del cambio, pérdida y dispersión de documentos… algunos de ellos encontrados en tiendas de comestibles de la ciudad. Ante esta situación, el cabildo le encomendó una nueva catalogación del archivo.
En 1854 el cabildo acordó anotar y encerrar los legajos en los armarios, aunque bajo la dirección e intervención del señor Chantre y con ayuda de personas de inteligencia y que merecieran confianza. Resumiendo: En la segunda mitad del XIX continuó el declive del archivo catedralicio, bien por abandono del cabildo bien por las circunstancias históricas del país. En 1863 hubo un intento de organizar la documentación de la Santa Cruzada.
Incautación del archivo
El 25 de enero de 1869 el archivo catedralicio es incautado por el gobernador civil de la provincia: Salvador López Guijarro (1834-1901). Los capitulares, al no encontrar respuesta adecuada en Granada, recurren al ministro de Fomento —José de Echegaray y Eizaguirre (1832-1916)— quien, por Orden de 9 de julio de 1869, revocó la orden gobernador, mandó levantar los precintos del archivo y lo restituyó al cabildo granadino.
Por último, nos consta que la producción documental sigue adelante con relativa normalidad, se abren nuevos libros y continúan las diversas series documentales. No queda constancia de organización o elaboración de nuevos inventarios o catálogos.
